Część oburzonych żaków postanowiła opuścić Kraków i przenieść się na inne uniwersytety. Artysta namalował moment kiedy studenci tłumnie opuszczają Kraków. „Obraz z dużą grupą tłoczących się postaci jest utrzymany w brązach i żółcieniach z akcentami koloru czerwonego oraz ciemnej zieleni”.
Historia obrazu Wyjścia żaków z Krakowa, jako późne dzieło Jana Matejki, nie spotkało się z dużym zainteresowaniem ze strony badaczy, będąc przede wszystkim łączone z kulisami przedstawionego wydarzenia. W 1882 roku, przebywając w Krzesławicach ze względu na stan zdrowia, Matejko nie porzucił jednak pracy w Komitecie Restauracji Kaplicy Zygmuntowskiej, nadzorował przebieg robót i uczestniczył w posiedzeniach komitetu. Znajdujący się w centrum kompozycji klasztor duchaków z gotycką partią murów, był końcem XIX wieku przedmiotem sporu władz miasta oraz środowisk architektonicznych i konserwatorskich, w który zaangażowany był również Matejko. Konflikt rozpoczął się w lecie 1886 roku, gdy wbrew rekomendacji komisji teatralnej, wskazano lokalizację nowego gmachu teatru miejskiego na ogród św. Ducha, gdzie znajdował się zespół dawnego hospicjum i klasztoru domu krakowskiego Kanoników Ducha Świętego de Saxia.