W roku 1900 objął Katedrę Językoznawstwa Porównawczego, którą kierował do końca życia, od 1904 z tytułem profesora zwyczajnego. Dwukrotnie pełnił funkcję dziekana Wydziału Filologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego (1912/1913, 1915/1916), na rok akademicki 1916/1917 został wybrany na rektora, ale nie przyjął tej godnościJan_Michal_Rozwadowski.pdf.
Późniejsze lata W 1903 r. został powołany na członka korespondenta Akademii Umiejętności w Krakowie (późniejszej Polskiej Akademii Umiejętności), od 1908 był jej członkiem czynnym. Pełnił w Akademii szereg funkcji, m.in. dyrektora Wydziału I (1917–1925), sekretarza (1899–1904) i przewodniczącego (od 1908) Komisji Językowej, przewodniczącego Komisji Orientalistycznej (od 1918), przewodniczącego Komisji Antropologicznej (1921–1925), przewodniczącego Komisji Etnograficznej (od 1926). Był również inspektorem Biblioteki AU (1918–1926), delegatem PAU do Union Academique Internationale w Brukseli, przewodniczącym Komitetu Wydania Polskiego Corpus Vasorum Antiquorum, przewodniczącym Komitetu Wydania Corpus Philosophorum Medii Aevi, przewodniczącym Komitetu Ortograficznego PAU. W latach 1920–1924 pełnił funkcję wiceprezesa PAU, a po śmierci Kazimierza Morawskiego został wybrany na prezesa (1925). Z funkcji tej zrezygnował w 1929 r. ze względu na kłopoty rodzinne i finansowe.