Dwukrotnie żonaty: od 25 czerwca 1887 z Władysławą (1859–1914), córką Władysława Ludwika Anczyca (poety i dramaturga), od 22 sierpnia 1915 z Olimpią z Reidów Szmidlową (1863–1940). Z pierwszego małżeństwa miał synów: Adama (prawnika i bankowca, medalistę olimpijskiego w szermierce, współzałożyciela i prezesa Polskiego Związku Szermierczego) i Kazimierza (dyplomatę, do 1939 posła RP w Czechosłowacji, potem od 15 lipca 1939 ambasadora RP przy Stolicy Apostolskiej, reprezentującego po II wojnie światowej w Watykanie rząd RP na uchodźstwie do 1972).
Został pochowany na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie (sektor SC6, rząd B, nr grobu 2).
mały|Grób Fryderyka i aAdama Papée na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie Wybrane prace Zabytki przeszłości miasta Bełza (1884) Skole i Tucholszczyzna (1891) Historya miasta Lwowa w zarysie (1894, wydanie II 1924) Polska i Litwa na przełomie wieków średnich. Ostatnie dwunastolecie Kazimierza Jagiellończyka (1904) Studya i szkice z czasów Kazimierza Jagiellończyka (1907) Historia Polski 1429–1506 (1923) Aleksander Jagiellończyk (1949)