Prowadzi również szereg innych programów i projektów, takich jak The Warsaw Network (sieć think tanków z byłego obszaru postsowieckiego), Plusy Ujemne (portal, na którym oceniane są istotne zmiany i nowości legislacyjne), Agenda Polska (seria publikacji z zakresu strategii rozwoju Polski, rozwiązań systemowych i punktowej naprawy prawa), Warsaw Coalition Meeting (cykliczne spotkania środowisk wolnościowych w Warszawie), Bilans Otwarcia (oceniający kondycję gospodarczą Polski i dynamikę jej rozwoju na tle innych państw UE i światowych liderów), Wskaźnik Bogactwa Narodów (mierzy strumień korzyści ekonomicznych przypadających na obywatela każdego kraju Unii Europejskiej w ciągu roku), Raport Cwanego Mikołaja (interaktywny projekt, w którym WEI wylicza, ile przeciętny podatnik zapłacił za prezenty od państwa).
Prezesem WEI jest Piotr Palutkiewicz, wiceprezesem Sebastian Stodolak, a przewodniczącym Rady Fundacji Tomasz Wróblewski.