Powrócił do niej w 1776 roku, kiedy został mianowany sekretarzem rewolucyjnego gubernatora Williama Livingstona. Od 1776 do 1778 Pettit piastował urząd sekretarza prowincji (tytuł określony w konstytucji stanu New Jersey z 1776 r., później znany jako sekretarz stanu New Jersey).
W 1777 roku jego szwagier Joseph Reed ponownie wpłynął na jego karierę. Reed służył wówczas w Kongresie Kontynentalnym i pracował w komisji, która zaleciła zmianę funkcji kwatermistrza. W 1778 roku Pettit został zastępcą generalnego kwatermistrza, zasadniczo na stanowisku cywilnym. Ale przyszło ze zleceniem pułkownika w Armii Kontynentalnej, co obrażało niektórych oficerów liniowych armii. Pettit prowadził księgowość korpusu od tego czasu aż do swojej rezygnacji w 1781 roku. Przeniósł się również do Filadelfii, aby być bliżej Kongresu, który tymczasowo spotykał się w Nowym Jorku.
Po odbyciu służby wojskowej Pettit wznowił karierę kupiecką, tym razem w Filadelfii. Od 1779 roku był członkiem Amerykańskiego Towarzystwa Filozoficznego z siedzibą w tym mieście. Został wybrany do reprezentowania Filadelfii w stanowej Izbie Reprezentantów w 1784 i 1785 roku.