Pod kątem wizualnym samochód utrzymano w dotychczasowej, charakterystycznej estetyce autorstwa pomysłodawcy i głównego konstruktora Pagani Automobili, Horacio Paganiego. Muskularna bryła zyskała wyraźnie zarysowane, łukowate nadkola i zwężony względem bryły nadwozia przedział pasażerski. Przód zwieńczyły dwie pary podwójnych reflektorów, tym razem wyróżniając się jednak większym wlotem powietrza. Producent postawił jednocześnie na bardziej stonowane detale, rezygnując z dużych spojlerów i ostro zarysowanych wlótów powietrza na rzecz bardziej eleganckiej estetyki.
Pagani Utopia przyniosło z kolei obszerne zmiany pod kątem technicznym. Bazująca na monokoku konstrukcja powstała z mieszanki włókna węglowego i tytanu, które w stosunku do poprzednika zyskały o 38% większą sztywność. Pozwoliło to także obniżyć masę całkowitą masywnego supersamochodu, uzyskując wynik nieznacznie przekraczający wartość 1,2 tony. Luksusowa kabina pasażerska zachowała awangardową estetykę znaną z poprzedników, gdzie oprócz paneli ze skóry dominują detale wykonane z aluminium.