Program nauczania i cała struktura organizacyjna przyjęte zostały z kolegium rzymskiego. Gimnazjum liczyło pięć klas. Naukę prowadzono po łacinie, ale wyróżnikiem tejże szkoły była również nauka języka niemieckiego, gdyż był to wówczas powszechnie używany język w Braniewie. Liczba uczniów w 5 klasach wahała się od ok. 200 do 300. Do szkoły przyjmowano chłopców od 12 roku życia po ukończeniu szkoły elementarnej. Przy szkole utworzono konwikt (internat) dla młodzieży szlacheckiej oraz bursę dla ubogich.
Gimnazjum przy kolegium jezuickim tak funkcjonowało przez ponad dwa wieki, gdy w 1773 papież Klemens XIV, ulegając naciskom mocarstw katolickich, ogłosił likwidację Towarzystwa Jezusowego w całym Kościele brewe Dominus ac Redemptor noster. Dekret ten zbiegł się niemal w czasie z I rozbiorem ziem polskich, po którym Braniewo znalazło się w granicach Prus. Jednak król Prus Fryderyk II, ze względu na użyteczność i potrzebę jezuitów w szkolnictwie, początkowo nie zezwalał na ogłoszenie brewe kasacyjnego w swoim państwie. Wykonał nakaz papieski dopiero w roku 1780.