Ekologia Glony słodkowodne lub morskie. Obie grupy nieco różnią się m.in. zestawem ksantofili. Słodkowodne rafidofity często występują w wodach kwaśnych. Jeden z pierwszych opisanych i najpowszechniej występujących rafidofitów, Gonyostomum semen, żyje w Europie i Ameryce Północnej, głównie w jeziorach lobeliowych i dystroficznych. Ze względu na wydzielany śluz jest on niechętnie zjadany przez zooplankton, przez co stając się dominantem w fitoplanktonie, powoduje zaburzenie sieci troficznej. Wywoływane przez niego zakwity nie są toksyczne, ale kontakt z nimi może wywoływać alergię. Przedstawiciele rodzaju Chatonella zimują w postaci komórek przetrwalnych, z których wczesnym latem kiełkują komórki uwicione. Morskie gatunki mogą tworzyć toksyczne zakwity, jeden z rodzajów czerwonego przypływu, zwłaszcza w częściowo zamkniętych akwenach (lagunach i zatokach). To dotyczy zwłaszcza mórz oblewających Japonię czy Morza Śródziemnego. Zakwity powodowane przez Heterosigma akashiwo wyrządzają szkody w akwakulturze.