W czasie okupacji niemieckiej obiekt był miejscem schronienia dla Żydów oraz magazynem broni Armii Krajowej. Siostra Benigna Umińska zorganizowała tutaj jesienią 1942 wspólnie z Leonem Schillerem teatr amatorski, w którym aktorkami były m.in. podopieczne „Przystani”. Teatr działał do 1944, wystawił 3 premiery, urządził 20 spektakli, w których udział wzięło ponad 2000 widzów. W okresie Świąt Bożego Narodzenia 1942 w willi wystawiano konspiracyjnie sztukę Leona Schillera „Pastorałkę”. 1 stycznia 1943 wśród widzów tego spektaklu byli Jerzy Andrzejewski, Witold Lutosławski, Czesław Miłosz, Danuta Szaflarska i Andrzej Łapicki. Czasław Miłosz, pracujący w czasie okupacji jako woźny obiektów Uniwersytetu Warszawskiego, wiele lat później wspominał na kartach „Roku Myśliwego”, że właśnie w henrykowskiej willi odkrył „esencję teatru”.
Podczas powstania warszawskiego w przeciwieństwie do wielu sąsiednich domów obiekt uniknął spalenia a jego mieszkańcy śmierci, gdyż dowódca niemieckiego oddziału likwidacyjnego wśród mieszkańców willi rozpoznał swojego znajomego i zezwolił osobom tam przebywającym na ucieczkę. W ostatnich tygodniach wojny mieścił się tam posterunek żandarmerii niemieckiej.