Był bratankiem Julii, żony Gajusza Mariusza, przywódcy stronnictwa popularów w Rzymie. Stronnictwo to, forsujące projekty zmian w państwie, znajdowało się w niekorzystnym położeniu, gdyż od roku 82 p.n.e. w Rzymie dyktaturę pełnił Lucjusz Korneliusz Sulla, przywódca konserwatywnego stronnictwa optymatów.
Walka pomiędzy tymi stronnictwami dotykała także Cezara. W roku 84 p.n.e., mając szesnaście lat, uzyskał dzięki Mariuszowi pierwszy urząd polityczno-religijny – tytuł kapłana boga Jowisza (flamen Dialis). Jednak już w 82 roku p.n.e. stracił go, gdyż odmówił spełnienia rozkazu Sulli, który narzucił mu rozwód z Kornelią Cynillą. Była ona córką Lucjusza Korneliusza Cynny, drugiego po Gajuszu Mariuszu przywódcy popularów. Cezar stracił też posag Kornelii, ale Sulla zagwarantował mu nietykalność.
Cezar nie dowierzał jednak Sulli, który wcześniej łamał przyrzeczenia, i uciekł w Góry Sabińskie. Tam ukrywał się wśród bagien i lasów. Niedogodności tych kryjówek wywołały u niego poważną chorobę. Gdy przewożono go na noszach w inne miejsce, został pojmany przez wojska Sulli. Duży okup wypłacony żołnierzom pozwolił Cezarowi uratować życie i wolność.