Dopiero w drugiej połowie XVII w. w mieście zaczyna się osiedlać bogata szlachta – jako pierwszemu miasto pozwoliło kupić dom Janowi Mariassy’emu w 1654 r. Jako wolne miasto królewskie Lewocza nigdy nie podlegała ziemskiej jednostce administracyjnej – żupie spiskiej. Dopiero w końcu XVII w. ta instytucja zakupiła w mieście jeden dom mieszczański na własny użytek. Miasto staje się centrum żupy spiskiej, która tu odbywa swe kongregacje, a na początku XIX w. buduje tu swą reprezentacyjną siedzibę. Z czasem Lewocza zmienia się w miasto szkół i urzędów.
W XVI i XVII w. Lewocza była najważniejszym ośrodkiem ewangelicyzmu na ziemiach słowackich, jednak za czasów habsburskich doszło do niemal całkowitej rekatolicyzacji Lewoczy i całego Spisza. Miasto, które początkowo miało charakter czysto niemiecki, po wiekach uległo slawizacji do tego stopnia, że w latach czterdziestych XIX w. powstał tu ważny ośrodek narodowego ruchu słowackiego. Zostało tu m.in. założone znane później liceum ewangelickie, do którego przeszło w 1844 r. (na znak protestu po usunięciu Ľudovíta Štúra ze stanowiska w Bratysławie) trzynastu jego bratysławskich uczniów z Janem Franciscim na czele. Powstała wówczas pieśń Nad Tatrou sa blýska, która została później przyjęta jako hymn państwowy Słowacji (do dziś).