Dowódcy papiescy Prospero i Fabrizio Colonna przeszli na stronę Francuzów i zajęli Ostię; Francuzi zajęli Civitavecchię; wreszcie też papieża zdradziła część Orsinich, ofiarowując Karolowi VIII swoją twierdzę Bracciano. Aleksander VI w obliczu tych niepowodzeń zdecydował się zaprzestać oporu i 31 grudnia 1494 wpuścił wojska Karola VIII do Rzymu. Część antypapieskiej opozycji, m.in. towarzyszący królowi Francji kardynał Giuliano della Rovere, proponowała Karolowi VIII, by korzystając z okazji zwołał sobór, który usunąłby Aleksandra VI z tronu; Walezjusz nie zdecydował się jednak na ten krok i zadowolił się zawarciem z papieżem układu, na mocy którego zyskał prawo przemarszu przez terytorium Państwa Kościelnego, twierdzę Civitavecchię i dwóch zakładników, w tym papieskiego syna Cezara (który zresztą wkrótce uciekł do Spoleto).

left|thumb|Włochy w roku 1494. Pod koniec stycznia 1495 Karol VIII opuścił Rzym i ruszył dalej ku Neapolowi. Wojska francuskie przekroczyły granicę Królestwa Neapolu i wkroczyły do Abruzji, gdzie zajęły L’Aquila. Alfons II, przerażony inwazją, abdykował na rzecz swego syna Ferdynanda (panującego jako Ferdynand II) i uciekł z kraju. Nowemu królowi nie udało się jednak zorganizować obrony kraju.