Po raz kolejny zagrał podczas meczu Pucharu Anglii 18 lutego z Sunderlandem przegranym przez jego zespół 0:2.
Pierwszy występ w sezonie 2012/2013 miał miejsce w czasie ćwierćfinałowego rewanżu w Lidze Mistrzów z Bayernem Monachium w dniu 13 marca 2013. W meczu tym Łukasz Fabiański zachował czyste konto, a Arsenal wygrał 2:0. Rozegrał także kilka meczów ligowych zastępując w bramce Wojciecha Szczęsnego, lecz znów nabawił się kontuzji, która wykluczyła go z gry. mały|Fabiański podczas treningu przed meczem z Chelsea (2012) Sezon 2013/2014 po raz kolejny rozpoczął jako rezerwowy. Występował jedynie w meczach Pucharu Ligi oraz Pucharu Anglii. 10 lutego ogłosił, że po sezonie odejdzie z Arsenalu. 19 lutego w meczu Ligi Mistrzów z Bayernem Monachium pojawił się na boisku na skutek czerwonej kartki dla Wojciecha Szczęsnego. 12 kwietnia w półfinałowym meczu Pucharu Anglii z Wigan Athletic obronił dwa rzuty karne, a Arsenal awansował do finału. 17 maja 2014 po finałowym meczu z Hull City, zdobył z klubem Puchar Anglii.