Po II wojnie światowej władze państwowe zajęły budynek na świeckie cele oświatowe, a klerycy musieli przeprowadzić się do pobliskiego klasztoru. Do 1975 r. w gmachu seminaryjnym znajdowało się Seminarium Nauczycielskie, a do 1992 r. VI Liceum Ogólnokształcące im. Adama Mickiewicza. Następnie budynek powrócił do prawowitych właścicieli, zostając ponownie zaadaptowany na potrzeby seminarium duchownego.
Seminarium jest afiliowane do Wydziału Teologicznego Papieskiego Uniwersytetu Jana Pawła II w Krakowie. Obecny rektorem seminarium (od 2020 r.) jest o. dr Mariusz Tabulski OSPPE. W 2020 r. w seminarium kształciło się 56 kleryków.
Rektorzy o. Klemens Izdebski 1938–1939 o. Ludwik Nowak 1939–1946 o. Leonard Ligęza 1946–1949 o. Hieronim Pośpiech 1952–1955 o. Ferdynand Pasternak 1955–1957 o. Krzysztof Kotnis 1957–1959 o. Serafin Łukasik 1959–1963 o. Sykstus Szafraniec 1963–1966 o. Serafin Łukasik 1966–1969 o. Józef Płatek 1969–1972 o. Adam Piecuch 1972–1973 o. Rufin Abramek 1975–1978 o. Stanisław Turek 1978–1984 o. Zachariasz Jabłoński 1984–1987 o.