1 października 1946 r. został skierowany do Sztabu Głównego Marynarki Wojennej (następnie dowództwa Marynarki Wojennej) - w charakterze Szefa Wydziału Organizacyjnego Oddziału Organizacyjno-Mobilizacyjnego. Stamtąd został oddelegowany do Akademii Sztabu Generalnego. W opinii służbowej za rok 1948, wystawionej przez dowódcę Marynarki Wojennej adm. Steyera możemy przeczytać, że mimo podkreślania tam zasług i fachowości Zbigniewa Branieckiego – został on usunięty z PZPR oraz z Akademii Sztabu Generalnego, a następnie odkomenderowany do MW na stanowisko Szefa Biura Dowódcy MW.
Zwolnienie ze służby wojskowej W grudniu 1949 r. został bez uzasadnienia zwolniony do rezerwy. Był inwigilowany przez bezpiekę, żył w świadomości ciągłego zagrożenia. Przeniósł się do Warszawy rozpoczął pracę w Biurze Zbytu Materiałów Budowlanych Ministerstwa Przemysłu.
W czerwcu 1955 roku został wysłany na delegację na Międzynarodowe Targi Poznańskie. Zginął w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach na Dworcu Głównym w Poznaniu 22 czerwca 1955 roku, przypuszczalnie celowo wepchnięty pod pociąg.