W zakresie jego obowiązków było również nadzorowanie pracy tajnych agentów ulokowanych w tych środowiskach.

Po wybuchu II wojny światowej otrzymał przydział do 32 pułku piechoty ale, z racji zajmowanego stanowiska, pozostał w Warszawie i pełnił funkcję oficera łącznikowego pomiędzy Komendą Miasta a Stefanem Starzyńskim. W listopadzie 1939 r. ukrył się w klasztorze ojców kapucynów w Zakroczymiu. Na przełomie 1941 i 1942 r. nawiązał kontakt z polskim podziemiem. Objął stanowisko szefa wywiadu Armii Krajowej działającego na obszarach włączonych do III Rzeszy. Z terenu powiatu pułtuskiego prowadził działalność wywiadowczą na terenie Podokręgu Północnego Obszaru Warszawskiego AK oraz pograniczu Prus Wschodnich i południowej części Pomorza. Zbierał informacje dotyczące niemieckich struktur okupacyjnych, jak również kwestii gospodarczych, politycznych, innych organizacji podziemnych działających na tych terenach. Działał bardzo aktywnie w podległym terenie, maskował swą tożsamość za pomocą szeregu pseudonimów – „Andrzej”, „Mat”, „Bej”, „Bohdan”, „Tatar”, „Lach”, „Szach” czy też „Wuj”. Pod koniec 1944 r., już w stopniu kapitana, został mianowany na zastępcę komendanta Podokręgu Północnego AK.