Brała udział w pierwszym udokumentowanym meczu piłki nożnej kobiet, który odbył się 7 maja 1881 roku na edynburskim stadionie Hiberian Park. Mecz ten był uważany za międzynarodowy jako starcie między Szkocją i Anglią, mimo że w dzisiejszych realiach nie nazwalibyśmy go międzynarodowym.
Rok później (1896) Clarke zadebiutowała w zespole Mrs Graham's XI, drużynie, która grała mecze w całej Szkocji. Zainteresowanie trasą klubu było ogromne, na spotkaniach było tysiące obserwatorów. Szacuje się, że Clarke dostawała szylinga za tydzień trasy i zwrot za poniesione wydatki.
W 1897 roku zagrała mecz w drużynie The New Woman and Ten of Her Lady Friends, która zmierzyła się z Eleven Gentleman, czyli był to mecz damsko-męski. Drużyna Emmy wygrała 3:1. Raport z meczu informował, że widzowie opisywali starcie jako groteskowe, lecz w drugiej połowie kobiety podniosły poziom gry.
Kariera piłkarska Clarke trwała przynajmniej do 1903 roku.
Dziedzictwo Przez wiele lat Clarke mylono z piłkarką Carrie Boustead, którą jeden z dziennikarzy opisał jako kolorową kobietę o niderlandzkiej budowie, która jednak miała jasną karnację. Clarke została ponownie odkryta przez artystę Stuarta Gibbsa, kiedy opublikowano fotografię jej drużyny z trasy po Szkocji.