Jego kariera dziennikarska załamała się po opublikowaniu autobiografii Ich war dabei (1981). Został oskarżony o skrajnie prawicowe poglądy oraz minimalizowanie zbrodni nazizmu, w efekcie utracił kierownicze stanowisko w Stowarzyszeniu Dziennikarzy Bawarskich oraz pracę w telewizji. Zajął się wówczas polityką. Wspólnie z byłymi członkami CSU Franzem Handlosem i Ekkehardem Voigtem powołał do życia we wrześniu 1983 partię prawicową Die Republikaner i został jej wiceprzewodniczącym. Dwa lata później objął stanowisko przewodniczącego. Partia Die Republikaner zyskała poparcie około 7% wyborców, co pozwoliło na obsadzenie mandatów w Parlamencie Europejskim w 1989; wśród deputowanych Die Republikaner znalazł się Schönhuber. Partia zdobyła także wiele mandatów w parlamentach lokalnych.

Naraził się na krytykę wewnątrz partii za kontakty z przedstawicielami innych partii niemieckiej skrajnej prawicy. W maju 1990 został zmuszony do ustąpienia ze stanowiska przewodniczącego Die Republikaner, ale wkrótce odzyskał funkcję lidera. Ostatecznie został odwołany w 1994 (w tym samym roku wygasł jego mandat w Parlamencie Europejskim);