Dowództwo Komendantami obozu byli kolejno: untersturmführer Anton Scheidt (przez około dwa miesiące), hauptsturmführer i hauptsturmführer Karl Blank (najpóźniej od grudnia 1943). W sierpniu 1943 Kellermann wydzielił w obozie część żydowską, stawiając na jej czele oberscharführera Josefa Grzimka, skierowanego do Szebni po przeprowadzeniu masowych egzekucji Żydów ze Lwowa w obozie janowskim, a na czele części polsko-ukraińskiej – Johanna Unterhubera. Grzimek dowodził od sierpnia do grudnia 1943 powołaną w obozie strażą ukraińską, zaciągniętą spośród szkolonych wówczas na pobliskim poligonie SS „Heidelager” w Pustkowie ochotników 14 Dywizji Grenadierów SS „Hałyczyna”.
Dowództwo obozu mieściło się w dworze Gorayskich w Szebniach. W pijackich orgiach we dworze, zwanych od nazwiska organizatora scheidtówkami, których ofiarami były młode Polki i Żydówki, uczestniczyli dowódca SS i policji w dystrykcie krakowskim oberführer , jego szef sztabu sturmbannführer Wilhelm Haase, komendant obozu w Płaszowie untersturmführer Amon Göth i starosta jasielski Walter Gentz. W świetle zachowanych relacji obóz charakteryzował się na terenie dystryktu krakowskiego największą po Płaszowie skalą przemocy seksualnej wobec więźniarek.