Likwidacja We wrześniu 1943 do obozu trafiło ok. 700 osób z getta w Tarnowie. 21 września i 6 listopada 1943 kierownictwo obozu zleciło masowe egzekucje na terenie lasu w Dobrucowej (ok. 1,7 km od obozu), w których zginęło przez rozstrzelanie około 1600 osób (w tym ponad połowa przewiezionych z Tarnowa). Zwłoki były palone na ruszcie z szyn kolejowych, a miejsce zbrodni starannie zamaskowano kładąc świeżą darń i sadząc krzewy oraz drzewka. Akcją kierował oberscharführer Josef Grzimek.
4 listopada wysłano do Auschwitz pod pretekstem przenosin do obozu Heidelager w Pustkowie ze stacji Moderówka transport 4237 Żydów. Do obozu dotarł on dzień później. Kilkadziesiąt osób, wśród których mieli być Polacy i Romowie, zostało zamordowanych przez straż ukraińską przed wymarszem i w drodze do Moderówki. Po selekcji w Auschwitz skierowano do obozu jako więźniów 952 mężczyzn, oznaczając ich numerami 16087-161830 oraz 396 kobiet, oznaczając je numerami 66702-67097. Pozostałe 2889 osób zabito w komorach gazowych.
Około 1200 ostatnich więźniów obozu w Szebniach odesłano 2 lutego 1944 do obozu w Płaszowie. Likwidację nadzorował od 1 lutego tamtejszy komendant Amon Göth.