Osobnik tego gatunku może zostać pomylony z bocianem białym podczas obserwacji pod słońce.
Zasięg występowania thumb|Bocian czarny w locie; Izrael Bociany czarne gniazdują w Palearktyce między równoleżnikami 60° i 40°N. Są wędrowne. Latem ich zasięg obejmuje obszar od wschodniej Azji (Syberia, północne Chiny) na zachód po Europę Środkową, gdzie na północy sięga po Estonię, a na południu po Polskę, Niemcy (Dolna Saksonia, Bawaria), Czechy, Węgry, Włochy i Grecję. Izolowana populacja gniazduje w południowo-zachodniej części Półwyspu Iberyjskiego – w Estremadurze oraz przyległych prowincjach Hiszpanii i Portugalii. Zimowiska leżą w tropikalnych rejonach Azji i Afryki, lecz niektóre populacje bocianów czarnych są osiadłe lub ulegające tylko rozproszeniu. W południowej Afryce żyje odosobniona populacja. Najliczniej bociany czarne występują tam na wschodzie, we wschodniej części Południowej Afryki i Mozambiku. Zasięg tej populacji obejmuje również Zimbabwe, Suazi, Botswanę i Namibię, gdzie są rzadsze oraz Malawi.