W 2014 roku w zaprojektowanym przez niego budynku odbyła się wystawa mu poświęcona architektowi.
Z biurem, w którym stworzył koncepcję BN jako niespełna 30-latek, później funkcjonującym jako BPBO „Budopol” SA był związany do końca kariery zawodowej w 2015 roku. Pracując w BPBO jako gł. projektant (od 1970), a następnie – generalny projektant (od 1983) wyspecjalizował się w architekturze użyteczności publicznej, tworząc innowacyjne projekty budynków m.in. dla uczelni, instytucji państwowych i religijnych, o łącznej kubaturze czterech milionów metrów sześciennych.
Był uznawany za jednego z najlepszych polskich architektów drugiej połowy XX wieku, wygrywając łącznie w kilkudziesięciu konkursach urbanistyczno-architektonicznych. Słynął z szerokiego spojrzenia i wizji, dzięki której potrafił nadać znamiona spójności olbrzymim, nierzadko chaotycznym przestrzeniom. Tak było w przypadku np. Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie. W 1997 roku Stanisław Fijałkowski wygrał konkurs na projekt nowego kampusu tej uczelni, z uwzględnieniem kilku budynków zbudowanych wcześniej.