Toteż również za datę lokacji młyna biskupiego podawany jest rok 1341, gdyż jest on wymieniony w akcie lokacyjnym Nowego Miasta Braniewa, na prawym brzegu PasłękiStanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s. 23. Skoro jednak młyn już istniał, musiał być zbudowany wcześniej. Młyn biskupi postawiony został w dogodnej lokalizacji – za jazem spiętrzającym wodę na Pasłęce w celu utrzymania odpowiedniego poziomu wody w fosie okalającej Stare Miasto. W dół biegu rzeki od młyna zaś znajdował się Most Młyński, umożliwiający transport i przejście na drugi brzeg rzeki.

Do 1772 młyn należał do biskupów warmińskich. Po I rozbiorze Polski, po którym Braniewo znalazło się w granicach państwa pruskiego, młyn został przejęty przez państwo. W 1779 dzierżawił go młynarz Anton Petzky. W 1800 ówczesny dzierżawca młyna Daniel Schauinsland otrzymał koncesję na dostawienie do młyna tartaku. W 1830 przejął go ich syn, rządowy nadzorca budowlany August Ferdinand Schaiunsland, za kwotę 10 000 talarów. Po jego śmierci w 1844 wdowa zaś wystawiła młyn na sprzedaż. Gdy pochodzący z Braniewa elbląski przedsiębiorca Ignatz Grunau przyjechał obejrzeć wystawiony na sprzedaż młyn, był on wówczas wyposażony w jedno koło podsiębierne i sześć przekładni (żaren);