W łodygach czosnaczka rozwija się muchówka Ophiomyia alliariae.
Czosnaczek porażany jest przez co najmniej 7 gatunków grzybów i lęgniowców: Erysiphe cruciferarum, Leptosphaeria maculans, Phyllosticta erysimi, Alternaria alliariae-officinalis, Ramularia armoraciae, Hyaloperonospora parasitica i Hyaloperonospora niessliana.
Czosnaczek jest głównym gospodarzem wirusa mozaiki czosnaczka (, AIMV), który może porażać także rośliny użytkowe, takie jak petunie. Może też być gospodarzem dla (, CMV).
Na korzeniach czosnaczka nie stwierdzono mykoryzy.
Modelowa roślina inwazyjna thumb|Pracownik U.S. Fish and Wildlife Service w lesie opanowanym przez czosnaczka