Prawdopodobnie niedługo potem miasto zostało opuszczone.
Grabieże i ochrona Stanowisko zostało po raz pierwszy zmapowane i sfotografowane w 1905 roku przez niemiecko-austriackiego badacza Teoberto Malera. W 1908 roku odkopał schody hieroglificzne z tzw. Struktury B-18, których części znajdują się w Muzeum Brytyjskim w Londynie. W 1910 roku dalsze badania przeprowadzili Sylvanus G. Morley i Oliver Ricketson.
Ponieważ obszar nie był chroniony w latach 20. XX wieku wiele zabytków i rzeźb zostało skradzionych. Sytuacja pogorszyła się w latach 60. kiedy wiele dużych rzeźb zostało roztrzaskanych przez szabrowników, aby wywieźć je z kraju.
W latach 1972–1973 Departament Zabytków Przedhiszpańskich IDAEH zabrał z Naranjo 19 steli w celu ich ochrony przed szabrownikami.
Przez kilka lat od 1997 do 2001 roku teren znajdował się pod kontrolą rabusiów. W latach 2002–2004 rozpoczęto projekt oceny skali grabieży, w wyniku którego odkryto około 270 tuneli i rowów.