Został zwolniony dopiero 21 czerwca po spotkaniu prezesów Bratnich Pomocy i reprezentantów uczelni z premierem Edwardem Osóbką-Morawskim w Krakowie. Podczas dyskusji studenci żądali uwolnienia J. Deszcza. Po interwencji premiera został on tego samego dnia zwolniony.
Absolutorium uzyskał w 1947 roku, a półtora roku później obronił dyplom. W 1950 roku otrzymał zakaz przebywania w Krakowie. Wyjechał do Gliwic, gdzie pracował w szpitalu miejskim na Oddziale Chirurgii Ogólnej i Urazowej. W 1952 roku uzyskał specjalizację I stopnia w zakresie chirurgii ogólnej. W 1953 roku przyjechał do Nowej Huty i podjął pracę w poradni chirurgicznej przy Kombinacie Metalurgicznym. Po otwarciu w marcu 1954 roku szpitala im. Stefana Żeromskiego pracował na oddziale chirurgicznym. Gdy po 12 latach powstał oddział chirurgii urazowej został jego ordynatorem. Funkcję tę pełnił do 1990 roku. W 1957 roku uzyskał specjalizację II stopnia w zakresie chirurgii, a następnie specjalizację II stopnia z chirurgii urazowej. Działał w Związkach Zawodowych, w Radzie Ordynatorów (w 1980 roku jako jej dziekan).
Założyciel Hospicjum św. Łazarza w Krakowie i polski przeor Zakonu Rycerzy św. Łazarza z Jerozolimy (tzw. Przeoratu Polski obediencji paryskiej) (od 1994 do 2003).