W XVII wieku wieś stała się własnością wojewody mazowieckiego, Andrzeja Górskiego. Po jego śmierci w 1626 roku należała z kolei do jego spadkobierców oraz do króla, aż w 1683 znalazła się w rękach marszałka wielkiego koronnego Stanisława Herakliusza Lubomirskiego, który m.in. postawił tu szpital (obecny Szpital Czerniakowski). Historia Czerniakowa została zbadana przez XIX-wiecznego historyka, Jana Warmińskiego (Liedera) i opisana w wydanej w 1861 roku książeczce pt: Pamiątka z Czerniakowa, zawierającej m.in. opis popularnych dawniej wśród warszawiaków majowych odpustów czerniakowskich, historii wsi oraz budowy kościoła bernardynów pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy.
W drugiej połowie XIX wieku Czerniaków należał do gminy Mokotów w powiecie warszawskim, zaś w strukturze kościoła katolickiego stanowił część parafii Wilanów. W 1904 klasztor czerniakowski został siedzibą filii parafii wilanowskiej, odpowiedzialnej między innymi za prowadzenie ksiąg stanu cywilnego mieszkańców Czerniakowa i okolicznych wsi. W 1909 Czerniaków został wyłączony z gminy Mokotów i włączony w skład gminy Wilanów.