Józef Jakub Muczkowski (ur. 9 sierpnia 1860 w Krakowie, zm. 1 grudnia 1943) – urzędnik, sędzia okręgowy, znawca historii Krakowa, współzałożyciel i wieloletni prezes Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa.
Życiorys Był wnukiem historyka Józefa Muczkowskiego, kustosza Biblioteki Jagiellońskiej. Jego ojciec, Stefan, był notariuszem i wiceprezydentem Krakowa. W latach 1871–1878 odbył edukację w Gimnazjum św. Anny, a następnie rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim, które ukończył doktoratem w 1883. Po ukończeniu studiów pracował jako urzędnik w Wiedniu, a od 1885 w Krakowie w ekspozyturze Prokuratorii Skarbowej. Od 1901 pełnił jednocześnie funkcje sądowe. W latach 1902–1909 oraz 1914-1931 był radnym miejskim Krakowa.
Równocześnie z życiem zawodowym zajmował się badaniem dziejów Krakowa i historii sztuki miasta. Należał do grupy założycieli Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa w 1886. Od 1900 był wiceprezesem towarzystwa, a od 1916 do śmierci – prezesem. W latach 1923–1938 był redaktorem „Rocznika Krakowskiego”. Był ponadto członkiem Towarzystwa Przyjaciół Sztuki w Krakowie, a od 1927 do 1934 jego wiceprezesem. Publikował artykuły na temat ochrony zabytków Krakowa i jego dziejów m.in.