Po bezprawnym zagarnięciu tych terenów przez Habsburgów w 1769, Spiską Nową Wieś włączono do Węgier i wkrótce ustanowiono siedzibą władz Prowincji XVI Miast Spiskich. W 1871 do miasta dotarła kolej – linia Kolei Koszycko-Bogumińskiej. W 1892 uruchomiono jej odgałęzienie do Lewoczy, a w mieście zaczęły powstawać warsztaty i zakłady związane z koleją. Wśród rosnącej liczby robotników rozwinął się ruch związkowy. W latach 1905–1907 miały miejsce strajki górników i robotników, a w trudnych latach po I wojnie światowej wielki strajk generalny w grudniu 1920.
W czasach nowożytnych Spiska Nowa Wieś była znana z licznych miejskich szkół. W 1910 – według spisu nieuwzględniającego narodowości polskiej – miasto liczyło 10,5 tys. mieszkańców, z czego 5,1 tys. Słowaków, 3,5 tys. Węgrów i 1,8 tys. Niemców. W 1918 znalazło się w granicach Czechosłowacji. W okresie kampanii wrześniowej w roku 1939 miasto było siedzibą kwatery głównodowodzącego słowackich wojsk inwazyjnych kierującego ofensywą przeciwko Polsce. Wojska radzieckie wkroczyły do miasta w ostatnich dniach stycznia 1945.