Do końca 1946 roku utworzył w diecezji 86 oddziałów Caritasu, w tym aż 29 ze stołówkami, w 1947 oddziałów było 90. Caritas prowadził ponadto dwie bursy, trzy przytułki dla starców, trzy sierocińce, trzy przedszkola, dom noclegowy, żłobek, świetlice i biblioteki. Otwierał też punkty medyczne przy parafiach, które prowadziły siostry zakonne. Od 1948 roku władza państwowa zaczęła ograniczać działalność Caritasu pod pretekstem wykraczania jej poza ramy statutowe. Ks. Szarnowski był często wzywany na przesłuchania do Urzędu Bezpieczeństwa. W 1950 administrator Teodor Bensch rozwiązał związek Caritas. Ks. Szarnowski pozostał przy kurii biskupiej w Olsztynie jako referent do spraw miłosierdzia chrześcijańskiego. Prowadził też lekcje religii w szkołach. 17 lutego 1949 został tymczasowym administratorem parafii w Sząbruku, a następnie po śmierci schorowanego proboszcza został jej administratorem. 24 czerwca 1951 roku został konsultorem diecezjalnym. Konsulatorzy stanowili wówczas ciało doradcze biskupa na wzór kapituły katedralnej. Po reaktywowaniu w 1951 Warmińskiej Kapituły Katedralnej ks. Szarnowski został jednym z sześciu jej kanoników. 20 listopada 1953 został mianowany proboszczem wpółkatedry św. Jakuba w Olsztynie, a 24 czerwca 1954 dziekanem dekanatu olsztyńskiego.