Kierowanie instytutem Na czele Instytutu stał dyrektor, który kierował samodzielnie działalnością Instytutu i był za nią odpowiedzialny. Dyrektor zarządzał instytutem przy pomocy trzech zastępców. Zastępcy mieli przydzielony zakres prac, za który odpowiadali przed dyrektorem.
W latach 1966–1971 dyrektorem Instytutu był Józef ObłójChemik Nauka Technika i Rynek, 1970, 23, nr 2, "Rozmowy z ludźmi polskiej chemii. Mówi Profesor dr Józef Obłój – Dyrektor Instytutu Chemii Ogólnej"..
Rada Naukowa Przy Instytucie działała Rada Naukowa, która składała się z przewodniczącego, jego zastępcy i 18 członków, powoływanych przez ministra na okres 3 lat spośród przedstawicieli nauki i znawców zagadnień wchodzących w zakres działania instytutu.
Do zadań Rady Naukowej należało: inicjowanie prac naukowo-badawczych, opiniowanie planów naukowo-badawczych i preliminarzy budżetowych Instytutu, wypowiadania się w sprawie organizacji Instytutu, rozpatrywanie innych spraw na zlecenie ministra lub na wniosek przewodniczącego Rady.