Maść szczeniaka można ustalić ostatecznie dopiero po zmianie okrywy pierwotnej na wtórną, po zakończeniu porostu włosów pokrywowych. Zdarza się maść blue sable (niebieska podpalana), jaka wyklucza zwierzę z hodowli. Wykluczone z hodowli są też osobniki białe lub kremowe, choć są uznawane w klubach ras. Istnieją dwie odmiany, krótkowłosa i długowłosa (uznana za nową odmianę owczarka niemieckiego w Polsce przez Związek Kynologiczny i na świecie przez FCI od 01.01.2011 r.). Są także owczarki niemieckie szorstkowłose, również nie uznawane przez FCI.
Szata składa się z sierści podwójnej, z podszerstkiem. Włos okrywowy jest prosty, gęsty, twardy i mocno przylegający. Podszerstek obfity i miękki. Na głowie, przedniej stronie nóg i łapach włos dość krótki. Na szyi, zadzie, tylnych partiach nóg włos dłuższy, bardziej obfity i gęsty. Owczarek niemiecki linieje 2 razy w roku.