W fazie play-off wystąpiło 8 najlepszych zespołów, gdzie zwycięzca grupy był rozstawiony w ćwierćfinale. Dodatkowo drużyny z tych samych grup rozlokowano tak, aby mogły się ze sobą spotkać dopiero w finale. Mecze rozgrywano na zasadach Best-of-Three w systemie pojedynczej eliminacji.
Pula map Podczas ESL One Cologne 2016 nastąpiła niewielka zmiana w puli map turniejowych. Z dostępnych map usunięto Inferno, a w jej miejsce przywrócono Nuke, które zmieniło się po renowacji. Sposób wyboru map pozostał bez zmian, czyli w fazie grupowej drużyny banowały naprzemiennie mapy do momentu, gdy zostały dwie. Spośród tych dwóch map system losował ostateczną mapę. Drużyna, która zbanowała 2 mapy miała prawo wyboru strony, po której chce rozpocząć mecz. W fazie pucharowej ekipy banowały po jednej mapie, a następnie wybierały po jednej na której drużyny chciały grać. Przeciwnik mógł wybrać po której stronie chciał rozpocząć mecz. Spośród trzech pozostałych map system losował mapę decydującą.