W latach 2003 i 2004 reprezentował drużynę Team Telekom, potem T-Mobile Team. W tym okresie nie spełniał jednak oczekiwań stawianych mu przez kierownictwo drużyny, nie umiał nawiązać do wcześniejszych sukcesów, ponieważ ciągle gnębiły go choroby i pechowe upadki.
Po zmianie teamu na Phonak w roku 2005 Botero wrócił do swojej dawnej formy i na początku tego roku wygrał wyścig Tour de Romandie – przede wszystkim dzięki swojemu niepodważalnemu zwycięstwu w ostatniej jeździe na czas. Na 11. etapie Tour de France 2005, z Courchevel do Briançon, pokazał się znowu z dobrej strony, kiedy to uciekł wraz z Aleksandrem Winokurowem prowadzącej grupie, którą prowadził Lance Armstrong i tylko przez silniejszy atak Kazacha przed linią mety, musiał się zadowolić drugim miejscem.
Botero zdobył także złoty medal w swej koronnej konkurencji podczas igrzysk panamerykańskich w Rio de Janeiro w 2007 roku. W 2008 roku wystartował na igrzyskach olimpijskich w Pekinie, gdzie był szósty w wyścigu ze startu wspólnego, a indywidualną jazdę na czas ukończył na 24. pozycji. Cztery lata wcześniej, podczas igrzysk olimpijskich w Atenach zajął odpowiednio 29. i siódme miejsce.