W 1992 przeszedł na emeryturę i powrócił do demokratycznej Jugosławii. Początkowo mieszkał w Belgradzie, po czym w 1993 przeniósł się do odkupionego od skarbu państwa dawnego pałacu królewskiego w Topoli. W czasie wojny domowej wspierał akcje humanitarne. Wielokrotnie typowany przez media jako potencjalny król bądź to odrodzonej monarchii jugosłowiańskiej czy Serbii, bądź Chorwacji, nigdy nie wypowiedział się wobec tych doniesień. W 1995 został oskarżony przez Slobodana Miloševicia o zdradę Republiki Serbskiej Krajiny w trakcie wojny chorwackiej, co skłoniło go do wstrzymania się od jakiejkolwiek działalności publicznej. Zmarł w Topoli w 2000. Został pochowany w tamtejszej cerkwi św. Jerzego.
Pośmiertnie został oczyszczony z zarzutów i zrehabilitowany wyrokiem Sądu Najwyższego w Belgradzie z 16 grudnia 2013.
Rodzina Tomisław Karadziordziewić był dwukrotnie żonaty. Po raz pierwszy ożenił się 5 czerwca 1957, poślubiając w Salem Małgorzatę Alicję Badeńską (1932–2013), córkę Bertolda (1906–1963), tytularnego wielkiego księcia Badenii, i Teodory Glücksburg (1906–1969). Związek zakończył się rozwodem w 1981. Małżeństwo pozostawiło dwoje dzieci:
Mikołaj (ur. 1958) ⚭ Liliana Licanin (ur. 1957); Katarzyna (ur.