Wczesna obecność Różne znaleziska archeologiczne mogą sugerować pewne powiązania między starą cywilizacją maltańską a cywilizacją minojską, a następnie Grecją mykeńską. W latach dwudziestych XX wieku antropolog L. H. Dudley Buxton wysunął wniosek, że pierwotni mieszkańcy wysp Malta i Gozo byli kreteńskimi imigrantami. Wydaje się jednak, że starożytni Grecy nie włączyli żadnej wyspy do swojej kolonizacjia Morza Śródziemnego, być może z powodu braku na nich zasobów naturalnych. Wykorzystywali Maltę w celach handlowych, ale archipelag został przejęty i skolonizowany przez Fenicjan, a następnie przez Kartaginę. Gozo to prawdopodobnie mityczna wyspa Ogygia, opisana w „Odysei”, co może świadczyć o tym, że kiedyś osiedliły się tam grupy Mykeńczyków. Główna wyspa była znana w Grecji pod nazwą „Melite” (); jedna z teorii głosi, że nazwa „Malta” jest pochodną greckiego słowa oznaczającego „miód” (); brane było też pod rozwagę fenickie pochodzenie nazwy wyspy.