Zatoka Świętego Tomasza (, ), znana również jako Zatoka Żejtun () – zatoka w południowo-wschodniej Malcie, położona w granicach nadmorskiej miejscowości Marsaskala, dawniej w granicach Żejtun. thumb|left|Zatoka św. Tomasza z przylądkiem Munxar w tle.
Nazwa i opis Zatoka wzięła swoją nazwę od średniowiecznej kaplicy poświęconej św. Tomaszowi. Dokładnej lokalizacji kaplicy nie można ustalić, jednak jej lokalizacja jest powiązana z kapliczką św. Tomasza przy głównej drodze do Żejtun. W przeszłości zatoka była częścią pobliskiego miasta Żejtun, które leży bezpośrednio w głębi lądu. Zatoka i przylądek Munxar są popularne wśród mieszkańców Żejtun i innych wiosek położonych w głębi lądu ze względu na możliwość pływania, polowania i łapania ptaków do pułapek.
Niektórzy historycy twierdzą, że zatoka św. Tomasza jest prawdziwym miejscem wyjścia na ląd Pawła Apostoła po rozbiciu się jego statku na Malcie. Teoria ta opiera się zarówno na geografii, jak i badaniach archeologicznych znalezisk starożytnych rzymskich kotwic w zatoce. Nad zatoką św. Tomasza znajduje się szereg fortyfikacji, w tym zabytek 1. stopnia bateria Riħama na jej południowym krańcu. W roku 1614 po zakotwiczeniu osmańskiej floty w zatoce i napaści na Żejtun, na końcu Il-Gżira ta’ Wied il-Għajn została zbudowana duża forteca wieża św.