Kierowanie Zarządem Działalnością Zarządem zarządzał dyrektor, powoływany i odwoływany przez Prezesa Centralnego Urzędu Gospodarki Wodnej na wniosek dyrektora Centralnego Zarządu Wód Śródlądowych.
Zastępców dyrektora i głównego księgowego okręgowego zarządu wodnego powoływał i odwoływał dyrektor Centralnego Zarządu Wód Śródlądowych na wniosek dyrektora Okręgowego Zarządu Wodnego.
Finansowanie Zarządu System finansowy Okręgowych Zarządów Wodnych działał według następujących zasad: okręgowe zarządy wodne były zakładami budżetowymi, działającymi na podstawie rocznych planów techniczno-produkcyjno-finansowych, w ramach narodowych planów gospodarczych; do narodowego planu gospodarczego wchodziły jako wskaźniki dyrektywne dla okręgowych zarządów wodnych, zatrudnienie, fundusz płac i bezosobowy fundusz płac; fundusz płac okręgowych zarządów wodnych podlegał kontroli bankowej na zasadach i w trybie obowiązujących przy kontroli funduszu płac przedsiębiorstw uspołecznionych; w razie przekroczenia zadań rzeczowych globalny fundusz płac okręgowych zarządów wodnych podlegał korekcie; współczynnik korekty ustalał Przewodniczący Komisji Planowania przy Radzie Ministrów.