Latem 2008 Heitinga przeszedł do hiszpańskiego Atlético Madryt za sumę 10 milionów euro. Latem 2009 roku w ostatni dzień okienka transferowego Jonny przeszedł z Atletico Madryt do Evertonu za 6 milionów euro podpisując 5-letnią umowę z ekipą z Goodison Park. 31 stycznia 2014 roku został zawodnikiem Fulham, na zasadzie wolnego transferu. W czerwcu 2014 przyszedł do drużyny z Bundesligi, Herthy Berlin. 25 czerwca 2015, po 7 latach wrócił do Ajaxu Amsterdam, podpisując roczną umowę.
Kariera reprezentacyjna mały|310x310px|Heitinga (2008) W reprezentacji Holandii Heitinga zadebiutował za kadencji Dicka Advocaata. Miało to miejsce 18 lutego 2004 roku w wygranym 1-0 przez Holandię meczu z USA. Ten dobry sezon Heitingi został w pełni dostrzeżony przez selekcjonera i Heitinga zagrał z Holandią na Euro 2004, która awansowała do półfinału, przegrywając walkę o finał z reprezentacją Portugalii. Obecny selekcjoner reprezentacji Holandii Marco van Basten wiązał z Heitingą wielkie nadzieje na zdobycie medalu MŚ w 2006 w Niemczech, ale Holandia odpadła już w 1/8 finału po porażce z Portugalią.