22 września 1939 w Boryszewie popełniono mord na polskich jeńcach wojennych przez żołnierzy niemieckiego Wehrmachtu w trakcie kampanii wrześniowej 1939 roku. Jego ofiarą padło 50 wziętych do niewoli żołnierzy bydgoskiego Batalionu Obrony Narodowej. 8 listopada 1940 roku dzięki staraniom PCK przeprowadzono ekshumację szczątków ofiar masakry w Boryszewie. Udało się wówczas zidentyfikować 20 zwłok. Wszystkie ciała przeniesiono na cmentarz w Kozłowie Biskupim.
Na początku 1940 roku na terenie fabryki w Boryszewie założono cywilny obóz dla Polaków. Przeciętnie więziono tam ok. 400 osób. Od 1941 roku w obozie umieszczano tylko jeńców radzieckich. W założeniu był to pokazowy obóz w którym wyniszczano więźniów poprzez głód i choroby. Zlikwidowano go na przełomie 1942/1943 roku. lewo|mały|Zakłady chemiczne Boryszew ERG Po zakończeniu działań wojennych w styczniu 1945 roku rozpoczyna się odbudowa fabryki. Zostaje wznowiona produkcja cementów dentystycznych i środków farmaceutycznych, a zamiast prochu zaczęto wytwarzać eter do narkozy, alkohol amylowy i olejki kosmetyczne. W dniu 24 października 1947 roku fabryka została przejęta przez Centralny Zarząd Przemysłu Chemicznego. W 1992 roku przedsiębiorstwo zostało sprywatyzowane, jego właścicielem jest spółka Boryszew SA.