W sierpniu 1939 harcerze zorganizowali Harcerskie Pogotowie Wojenne. Na początku wojny harcerze pełnili służbę pomocniczą w obronie przeciwlotniczej i przeciwgazowej, na punktach obserwacyjnych, w szpitalach, a także (starsi działacze) podjęli walkę wstępując do jednostek WP. W okupowanej Częstochowie harcerze zajęli się pomocą osadzonym w obozach przejściowych. 17 października 1939 zorganizowano Szare Szeregi – rój (tj. odpowiednik hufca) "Obraz", pod komendą Eugeniusza Stasieckiego ps. Piotr Pomian (do 1941, później Józef Wyżkowski) podległego pierwotnie Pasiece (Komendzie Głównej), a od 1943/44 ulowi (chorągwi) "Warta". W Lublińcu powstała organizacja Orzeł Biały, w większości zrzeszająca harcerzy. Na wiosnę 1940 powstał w dzielnicy Raków drugi pluton Szarych Szeregów. W wyniku współpracy roju z Obwodem Związku Walki Zbrojnej zainicjowano utworzenie kompanii Szarych Szeregów oraz Szkoły Podchorążych Rezerwy ZWZ i Szkoły Podoficerskiej. Pod koniec 1942 przeorganizowano strukturę Szarych Szeregów na terenie Częstochowy, utworzono względem wieku trzy grupy: Zawiszaki, Grupy Szturmowe, Bojowe Szkoły. Na przełomie 1942/43 harcerze pomagali w ucieczkach z częstochowskiego getta oraz nieśli pomoc materialną jego mieszkańcom. W 1944 przeszkoleni wojskowo harcerze dołączyli do oddziału AK por.