Archiwum doznało poważnych zniszczeń podczas II wojny światowej. W kwietniu 1942 roku budynek, w którym się znajdowało, został dwukrotnie trafiony podczas bombardowania lotniczego, i około 2000 tomów zostało zniszczonych lub uszkodzonych. Niektóre dokumenty były przechowywane w piwnicy Auberge d’Italie, gdzie wiele z nich również zostało uszkodzonych. W grudniu 1945 roku archiwum przeniesiono do obecnej lokalizacji przy 24 Triq San Kristofru, a w roku 1968 oryginały przeniesiono do budynku przy Triq Mikiel Anton Vassalli, natomiast kopie zatrzymano na dotychczasowym miejscu.
Obecnie archiwum są zarządzane przez departament rządowy znany jako Office of the Notary to Government and Notarial Archives (Biuro Notariusza Rządowego i Archiwum Notarialnego), na czele którego stoi naczelny notariusz rządu. Na początku XXI wieku było ono w opłakanym stanie, a zbiory były mocno zniszczone W 2008 roku część zniszczonych dokumentów datowanych na XV wiek została zebrana przez osobę zajmującą się drobnymi naprawami i pracami remontowymi w budynku i umieszczona w workach na śmieci w celu utylizacji, ale nie zostały one wyrzucone i zostały ponownie odkryte później. . Od tego czasu podjęto znaczne wysiłki w celu zachowania i digitalizacji zbiorów archiwum.