II inwazja (1281) Kubilaj postanowił ponownie zmusić Japończyków do uległości i wysłał w 1275 kolejne poselstwo (pięciu ludzi), które po przedstawieniu butnego żądania, aby cesarz stawił się u chana w Chinach, zostało publicznie ścięte w Kamakurze. Podobnie Japończycy postąpili z przedstawicielami chana w 1279. Zabito ich w Hakata. Przez cały czas pomiędzy pierwszą a drugą inwazją władze siogunatu czyniły konsekwentnie przygotowania przed kolejnym atakiem, wzmacniając obronę Kiusiu, a cesarz Go-Uda (1267–1324, panował 1274–1287) i wysocy dostojnicy dworu szukali pomocy u bogów. W całym kraju w świątyniach odprawiano modły.
Latem 1281 siły zbrojne, liczące ok. 100 tys. ludzi, rozpoczęły lądowanie na kilku wysepkach u wybrzeży Kiusiu oraz w rejonie zatoki Hakata. Szczególnie zacięte walki toczyły się na wybrzeżu zachodnim. W porównaniu z liczebnością najeźdźców obrona japońska była bardzo rozciągnięta i armii mongolskiej udało się w wielu miejscach przerwać linie obrony i wedrzeć w głąb terytorium.