W listopadzie 1599 roku O’Neill wysłał 22-punktowy dokument do królowej Elżbiety, wymieniając swoje warunki porozumienia pokojowego. Wezwał on do samorządnej Irlandii z oddaniem skonfiskowanych ziem i kościołów, wolności przemieszczania się i silnej tożsamości rzymskokatolickiej. W odniesieniu do suwerenności Irlandii zaakceptował teraz zwierzchnictwo angielskie, ale zażądał, aby wicekról był przynajmniej hrabią i członkiem Tajnej Rady Anglii. Doradca Elżbiety, sir Robert Cecil, skomentował to na marginesie dokumentu słowem „Utopia”.
Zakończenie buntu w Munster George Carew, angielski Lord Prezydent Munster, zdołał stłumić bunt w Munster do połowy 1601 roku. Do lata 1601 roku odbił większość głównych zamków w Munster i rozproszył siły irlandzkie. Najemnicy O’Neilla zostali wypędzeni z prowincji, a rebelia chyliła się ku upadkowi.
Koniec wojny Ostatecznie angielska taktyka spalonej ziemi, dobrze dowodzona armia angielska Charlesa Blounta i okrążanie miast buntowników doprowadziły do ostatecznej klęski Irlandii. O’Neill przetrwał do 30 marca 1603 roku, kiedy poddał się na dobrych warunkach Mountjoyowi, podpisując traktat z Mellifont.