W starożytności Kordun zamieszkiwany był przez iliryjskie plemię Japodi, a następnie dostał się pod panowanie rzymskie. W średniowieczu był częścią Królestwa Chorwacji, a jego stolicą był Drežnik, który w XIV wieku został przekazany na własność rodowi Frankapanich przez króla Karola Roberta. Po przegranej Chorwatów w bitwie na Krbavskim Polu w 1493 roku obszar pomiędzy rzekami Kupą a Koraną był narażony na najazdy osmańskie. Po osmańskim podboju Krbavy i Liki w 1527 roku Kordun wraz z twierdzą w Slunju stał się obszarem granicznym. Rok wcześniej obradujący na terenie Kordunu parlament wybrał Ferdynanda I Habsburga na króla Węgier i Chorwacji.
W 1553 roku Kordun został włączony w granice Krajiny. W 1578 roku Osmanowie czasowo przejęli kontrolę nad tym obszarem. W 1584 roku armia osmańska została pokonana pod Slunjem. Od końca XVI wieku Kordun był celem migracji ludności prawosławnej z Imperium Osmańskiego.
W latach 1809–1813 region był częścią francuskich Prowincji Iliryjskich. W 1871 roku w Kordunie wybuchło powstanie narodowowyzwoleńcze, zwane „Rakovičką buną”.