W rezultacie reorganizacji utworzono samodzielne Siły Powietrzne i Obrony Przeciwlotniczej, oraz Strategiczne Wojska Rakietowe, które zawierały składowe trwale rozdzielonych systemów OP oraz obrony przeciwrakietowej i kosmicznej.
Rozmieszczenie sił i środków W chwili rozpadu ZSRR poza granicami Rosji pozostały cztery korpusy Obrony Przeciwlotniczej. Pozostałe siły i środki WOP wykorzystano do formowania WOP Federacji Rosyjskiej. Rozkazem prezydenta Rosji z 17 lipca 1993 rozpoczęto prace projektowe nad utworzeniem połączonego Systemu Obrony Powietrzno-Kosmicznej. W 1994 wprowadzono zautomatyzowany system S-50 obrony Moskwy. W Moskiewskim Okręgu OP utrzymywano 35–37 pułków rakietowych OP. Stanowiło to około 900 zestawów S-200 i S-300P. Grupa WROP osłaniająca Petersburg oraz rejon bazowania Floty Północnej dysponowała 23–24 pułkami rakiet OP, czyli około 600 zestawów rakiet OP. W Okręgu Królewieckim znajdowały się w tym czasie 1–2 pułki rakiet OP, czyli około 50 zestawów S-300P. Grupa WROP osłaniająca rejon bazowania Flotylli Oceanu Spokojnego oraz rejony przemysłowe Uralu i Syberii to około 750 zestawów rakietowych.