Architektura Kościół trójnawowy, łączący elementy gotyku, renesansu i baroku. Fasadę zdobią trzy portale oraz rzeźby z 1992, zainstalowane na miejscu wcześniejszych, zniszczonych podczas hiszpańskiej wojny domowej. Elewację południowo-zachodnią zdobi portal poświęcony św. Jakubowi, wykonany w XVIII wieku, prawdopodobnie przez Vicentego Acera, a na elewacji południowo-wschodniej znajduje się barokowy portal św. Torkwata, wzniesiony w 1728 przez Gaspara Cayóna. Nad skrzyżowaniem naw znajduje się kopuła z ok. 1730 roku. Przy filarach tęczy znajdują się drewniane rzeźby aniołów, wykonane w XVIII wieku przez Torcuata Ruiza del Perala, który wykonał również bogato zdobioną ambonę. Pierwsze stalle w nawie głównej wykonano w 1531, obecne pochodzą z lat 1741–1781. Są one wykonane z drewna cyprysowego, zdobią je figury świętych. Oryginalne rzeźby zniszczono podczas wojny domowej między 1936 a 1939 rokiem, obecne są ich swobodną rekonstrukcją sprzed 2018. Prócz tego wnętrze katedry zdobi kopia piety watykańskiej, przywieziona do Guadix w 1930 i odrestaurowana w 2001.