W roku 1148 został konsekrowany kościół Najświętszego Salwatora. Badania archeologiczne wskazują, że stanął on na miejscu starszych budowli o charakterze sakralnym. Wkrótce powstały kamienne zabudowania kościelne, z których romański portal pozostał do dziś. Od czasu uposażenia klasztoru wsią Zwierzyniec, jego historia jest ściśle związana z konwentem norbertańskim. Od zarania dziejów losy mieszkańców Zwierzyńca wyznaczały klęski żywiołowe, wśród których wylewy Wisły zajmowały pierwsze miejsce w dziele zniszczenia. W XIII w. Niemało spustoszeń dokonali Tatarzy, których trzy najazdy zostały udokumentowane: w 1241, 1259, 1287 roku. Splądrowali wtedy Zwierzyniec i spalili klasztor.
Pochodzenie samej nazwy Zwierzyniec zazwyczaj wiąże się ze służebną funkcją terenów myśliwskich dla dworu książęcego. Brak jednak bezpośrednich dowodów na istnienie wydzielonych tutaj miejsc do polowań. Najstarszy zapis łaciński (Sverincia lub Zwerincia) pochodzi z XIII w., natomiast polski zapis Zwierzyniec znamy dopiero z 1422 r. Pochodną nazwą jest Półwsie Zwierzynieckie, które założyła poprzez podział Zwierzyńca przeorysza Stredka w 1327 roku. Granicą była tamtejsza młynówka (obecnie przekop Rudawy). Miasto Kraków z przeoryszą Klarą dokonało zamiany tzw. kamienicy Klimka z Bodzanowa przy ul.