W 1591 r. ksienią Norbertanek została Dorota Kącka. Przez 52 lata była wybitną animatorką życia religijnego w klasztorze i sarmacką opiekunką majątków konwentu, czym doprowadziła do rozkwitu Zwierzyńca. W XVII w. Powstał na Srebrnej Górze kościół i erem O.O. Kamedułów. Zostali uposażeni przez Lubomirskiego wsią Bielany. Powodzenie Bielan i Zwierzyńca przerwała klęska morowego powietrza w 1652 r. Niepowodzeń dopełnił potop Szwedzki w 1655 r. Między 1700–21 wojna północna znowu spowodowała plądrowanie Zwierzyńca przez bandytów. Nieszczęść dopełniła klęska cholery w 1907 roku. W okresie rozbiorów w latach 70. Kościuszko na Półwsiu usypał fortyfikacje. W 1821–23 r. krakowianie usypali mu ku pamięci kopiec wysokości 34 m.
Likwidacja Wolnego Miasta i włączenie Krakowa do Galicji spowodowało duże zmiany na Zwierzyńcu. Począwszy od 1849 r. wybudowano olbrzymią fortecę wokół Kopca Kościuszki i prowadzącą do niej grzbietową drogę strategiczną (obecne Aleja Waszyngtona), nieco mniejsze forty w rejonie Chełmu, Bielan (obecne obserwatorium astronomiczne) i Olszanicy oraz kilkanaście innych obiektów przy ul. ks. Józefa, Królowej Jadwigi i Lesie Wolskim. Wykonano też zespoły szańców redutowych na wzgórzu salwatorskim stanowiącym końcowe wzniesienie masywu Sikornika. W roku 1887 powstał nasyp fortecznej kolei rokadowej (al.