hematologiczne (leukopenia, małopłytkowość, agranulocytoza, pancytopenia, eozynofilia), skurcz oskrzeli, śródmiąższowe zapalenie nerek, obrzęk naczynioruchowy, gorączka, wstrząs anafilaktyczny, zaburzenia widzenia (opisywano nieodwracalne zaburzenia widzenia u ciężko chorych pacjentów po podaniu dożylnym dużych dawek omeprazolu), obrzęki, nadmierna potliwość, zaburzenia smaku, jadłowstręt, hiponatremia, ból w klatce piersiowej, impotencja. Związek powyższych działań niepożądanych ze stosowaniem leków z grupy IPP jest jednak niepewny.
W perspektywie długoterminowej stosowanie IPP może wiązać się z rozwojem zanikowego zapalenia błony śluzowej żołądka, zwłaszcza przy współistnieniu infekcji Helicobacter pylori. W związku z przewlekłą hipergastrynemią może dochodzić do zmian troficznych w błonie śluzowej jelita. Wtórne do hipochlorhydrii upośledzenie żołądkowej bariery przeciwbakteryjnej może skutkować zwiększoną częstością zapaleń płuc, zapaleń jelita grubego czy infekcji Clostridium difficile lub szczepami Salmonella i Campylobacter. Istnieje także zwiększone ryzyko złamania bliższego odcinka kości udowej u starszych osób na skutek zmniejszenia gęstości kości.